La commune de Villefagnan applique la réforme des rythmes scolaire depuis la rentrée de Septembre 2013. Le décret du 24 janvier 2013 répartit ainsi les 24 heures de temps scolaire hebdomadire sur neuf demi-journées au lieu de huit. 

L'objectif est d'alléger globalement les journées des écoliers. 

L'année 2013 est à Villefagnan une année d'expérimentation, avec des réajustements éventuels, afin qu'en 2014, l'organisation soit la plus satisfaisante possible.